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在实务操作中，职务科技成果混合所有还存在以下三个方面的潜在风险。
一是研究开发机构、高等院校对职务科技成果进行转让、许可或者作价投资时，必须征得所有职务科技成果完成人的同意。如果单位与个别职务科技成果完成人解除了聘用关系，一旦该职务科技成果完成人不同意转移转化，或者单位不知道该职务成果完成人的去向时，职务科技成果就难以进行转移转化。
二是职务科技成果完成人对职务科技成果权利的份额超过50%，则意味着职务科技成果转化的主导权由单位转移到职务科技成果完成人。如果职务成果完成人是一个由多名科技人员构成的群体，课题组解散以后，要协调这个群体不是一个简单的事情，而且人数越多协调的难度越大，这样可能使职务科技成果转移转化变得很复杂，反而不利于科技成果的转移转化。
三是职务科技成果申请专利、软件著作权等知识产权需要支付相关费用，职务科技成果完成人应当按照份额承担知识产权申请费、专利维持费等费用，这反而增加了科技人员的经济负担。如果科技人员不承担这些费用，显然是不合理的。
