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即科技成果所有人与合作方订立合作转化协议，发挥各自的优势，共同转化科技成果，并就收益共享、风险共担的办法达到共识。主要做法是，由高校院所提供不太成熟的科技成果，并负责后续研发，由企业等合作方提供小试、中试等设备，以及生产线、实验场地等条件，围绕目标客户的需求，配合高校院所对科技成果进行后续试验、产品试制与定型、工艺开发，负责产品的市场推广。
合作转化的实质是合作各方发挥各自的优势，开展互补性合作的过程。合作中需要关注的焦点是：在合作协议中明确在科技成果转化的各个环节各自享有的权利和承担的义务，特别是风险分摊和利益分成的办法。如能妥善处理好风险分摊和利益分成，就能够形成合力，进而降低成果转化中的不确定性，化解成果转化中的矛盾，进而保障合作转化的顺利进行。
