专利权无效抗辩，是指专利侵权诉讼中的原告认为被告侵害其专利权，请求被告停止侵权、赔偿损失的时候，被告提出的原告的专利权无效、其请求权没有法律效力、不应得到支持的抗辩。专利权无效抗辩以被告提出抗辩主张为前提，若被告未提出专利权无效抗辩，则法院不得主动审查。
在我国实行侵权诉讼和专利无效分离的体制下，法院审查侵权是否成立，国家知识产权局专利行政部门审查专利的效力。
目前面对的现状是，侵权人利用专利侵权争议、有效性争议、权属争议等程序的交叉，拖延侵权诉讼。无效案件结论的变化导致侵权案件结论的变化。无效利用和证据组合多，法院撤销重作后，行政机关还需要审查其他理由或其他权利要求。授权确权案件专属管辖法院案件积压，形成恶性循环。基于上述问题的存在，确权与侵权分离制的现状需要改变。
通过修改《专利法》来优化专利权无效诉讼程序，在立法技术上不存在障碍，而增加专利权无效抗辩，亦不会增加法院的负担。
关于侵犯专利诉讼中的被告无效抗辩，这种审理仅仅是对抗辩事由的审理，而非对专利权效力作出的具有普遍拘束力的判定，故而不应将法院的审理视作专利权无效的一种新路径。
法院在审理专利权侵权纠纷案件中，被告提出的专利权无效抗辩事由仅能作为该案件专利权效力的参考，不具有对世效力，法院对于该案件专利权效力作出的认定对其他案件不具有参考价值，对于专利权效力的认定依然依据专利复审委作出的决定。
如果允许被告在侵权案件中提出专利权无效抗辩，法官需要先审理被告提出的专利无效理由和证据，在无效抗辩不成立的情况下再判断是否构成侵权。这样，若无效程序拖延对侵权程序造成的影响会降低，被告的权利得到更好的保护。
