专利文档种类多、时间长，涉及的文档数量巨大。从专利提案、检索资料、申请文件、审查及各类通知文件、专利证书等。此外，部分专利还涉及复审、无效以及诉讼的相关事务。文档管理的原则是确保文档的快速查找和归位。对于有文档管理软件的企业，可以按管理软件的要求进行管理，没有专利管理软件的企业，可以根据自己的习惯并结合不同规模和申请数量来编码管理。
纸件文档的管理
对于纸件文档的管理，可以直接用申请号或者用流水号（0001，0002等）归档。在用流水号归档时，还需建立一张电子档的工作表，将流水号与申请号一一对应。
电子文档的管理
电子文档的管理，一种方案是将同一个案件相关所有文档存放在一个文件夹中，包括技术交底书、专利申请表、申请文件、、专利申请受理通知书、专利申请初步审查合格通知书、专利申请公布通知书、发明专利申请进入实质审查程序通知书、第N次审查意见通知书、办理登记手续通知书、专利证书，文件夹内的文件可以用申请号命名，也可以用案件号命名。另一种方案是将同一类文件存放在一起，比如将所有专利申请受理通知书存放在一个文件夹。
专利信息录入
著录信息的表格管理，为方便快速查看专利相关信息，需要将专利信息录入汇总成一张excel表格，将专利的必要信息罗列其中。在案件较多时，可以将案件分为提案、撰写、审查、授权四个阶段分别进行管理。
