在办完发明专利申请手续之后呢，组织将会安排人员进行实质审查。也就是说，在全世界范围内，查找与你专利相同和相近的，并且公开日期在你专利申请日之前的专利文献，论文等一切公开的材料，来审查你的专利是否具有新颖性，若无新颖性（即重复），将会被驳回。
在发明专利申请的实质审查程序中可能发生的行为如下：
1、对发明专利申请进行实质审查后，审查员认为该申请不符合专利法及其实施细则的有关规定的，应当通知申请人，要求其在指定的期限内陈述意见或者对其申请进行修改；审查员发出通知书(审查意见通知书、分案通知书或提交资料通知书等) 和申请人的答复可能反复多次，直到申请被授予专利权、被驳回、被撤回或者被视为撤回；
2、对经实质审查没有发现驳回理由，或者经申请人陈述意见或修改后消除了原有缺陷的专利；
3、专利申请经申请人陈述意见或者修改后，仍然存在通知书中指出过的属于专利法实施细则第五十三条所列情形的缺陷的，审查员应当予以驳回；
4、申请人无正当理由对审查意见通知书、分案通知书或者提交资料通知书等逾期不答复的，审查员应当发出申请被视为撤回通知书。
除此之外，审查员还将会在实质审查过程中，采取会晤、现场调查以及现场讨论等方式辅助审查。
