研发费用加计扣除政策，是为了推动企业加大研发力度。从2016年1月1日起，放宽享受加计扣除政策的研发活动和费用范围、允许企业追溯过去3年应扣未扣的研发费用予以加计扣除，同时简化审核，对加计扣除实行事后备案管理。但是作为知识产权+项目规划，关联资深顾问，中芯国睿发现，在加计扣除的实务操作中仍然存在很多误区。
误区：享受加速折旧政策不能同时享受研发费用加计扣除优惠
财税〔2015〕119号文件规定，用于研发活动的仪器、设备的折旧费允许按照研发费用加计扣除。
企业用于研发活动的仪器、设备已享受加速折旧政策的，在享受研发费用加计扣除时，应按照研发费用加计扣除的有关文件，就已经进行会计处理的折旧、费用等金额进行加计扣除。
因此，对于开展研发活动的企业来说，意味着在会计上按照公告规定进行加速折旧处理的折旧、费用，若符合加计扣除条件的话，仍可以进行加计扣除，享受双重的优惠。
误区：不征税收入所形成的费用能加计扣除
财税〔2011〕70号文件规定：不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除；用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。
另外，企业将符合本通知第一条规定条件的财政性资金作不征税收入处理后，在5年（60个月）内未发生支出且未缴回财政部门或其他拨付资金的政府部门的部分，应计入取得该资金第六年的应税收入总额；计入应税收入总额的财政性资金发生的支出，允许在计算应纳税所得额时扣除。”
根据上述文件规定，如企业将5年内未发生支出且未缴回财政部门或其他拨付资金的政府部门的部分计入收入总额，计入应税收入总额的财政性资金发生的研究开发费，可以根据实施条例第九十五条的相关规定加计扣除，除上述情况以外，企业其他情况不征税收入用于研发新产品不可享受加计扣除税收优惠。
需要提醒的是，考虑到不征税收入所形成的费用能加计扣除，企业在实务操作中一定要做好收入是否属于“不征税收入”的选择。如：符合条件的软件企业收到的增值税即征即退税款作为不征税收入核算，相应不征税收入用于支出所形成的费用，作为不征税收入的条件是“由企业专项用于软件产品研发和扩大再生产并单独进行核算”，企业有可能“不征税收入用于支出”能申请研究开发费用加计扣除优惠政策，而不征税收入用于支出不能税前扣除，也就不允许计入研究开发费用加计扣除，即企业享受软件产品增值税即征即退政策所退还的税款，用于软件产品的研发，不能享受加计扣除政策。如企业享受加计扣除政策，相对于“增值税即征即退税款作为不征税收入核算”更“实惠”。
